Die Stadt verdankt ihren Namen der russischen Armee, die im Jahre 1869 entschied, dass die Stadt ein idealer Platz für eine Garnison (ein Infanteriebataillon, eine Berggeschützgruppe und zweihundert Kosaken) gewesen wäre und als ein entlegener Eckpunkt des Reiches des Zaristen dienen könnte.

Die Armee wurde bald von den Ansiedlern verfolgt. Die Stadt war Garnisonstadt und regionales Zentrum, daneben wurde Karakol auch als Ausgangslager benutzt: nach Tianschan und nach China. Die Expedition des russischen Forschers Nikolaj Prezhevalskij benutzte die Stadt ebenfalls als Ausgangspunkt. Prezhevalskij hat mehrere Forschungsreisen nach Zentralasien unternommen. Er konnte aber nie das Ziel seines Lebens  Lhasa in Tibet  erreichen. Als er sich auf seine nächste Expedition nach Zentralasien vorbereitete, infizierte er sich mit Typhus und entschied, sich am See anzusiedeln und auf seinen Tod zu warten. Es gibt ein ihm gewidmetes Museum in dem Haus, in dem er die letzten Tage seines Lebens verbrachte. Das Museum ist 10 km vom Stadtzentrum entfernt, an der Einfahrt zum Michailovka. Sechs Jahre nach seinem Tod wurden im Jahre 1888 ein Denkmal zu Ehren des Forschers und eine Kapelle in der Nähe seiner Grabstelle errichtet. 1957 baute die sowjetische Regierung das heutige Museum und den Garten auf.

Die Siedlung wurde Karakol genannt. Das Wort Karakol heißt auf Kirgisisch "schwarze Hand' (die ersten Siedler bemerkten, dass die Erde ihre Hände schwarz färbte). Später im Jahre 1886 wurde die Stadt Prezhevalsk genannt. Lenin gab ihr im Jahre 1926 ihren ursprünglichen Namen wieder, nur damit Stalin im Jahre 1935 die Stadt  wieder in Prezhevalsk umbenennen konnte. Letztendlich wurde die Stadt im Jahre 1991 in Karakol umbenannt.

Die Siedlung hat Anspruch darauf, "Erste" in Kirgisien zu sein: die erste meteorologische Station in der Region wurde im Jahre 1881 hier eingerichtet, die erste öffentliche Bibliothek Kirgisiens, sowie das erste Hippodrom ganz Zentralasiens. Sozialen Einrichtungen wie Schulen und Parks wurden aufgebaut. Es gab zwei Kirchen, neun Moscheen und 44 Fabriken  all das signalisiert, dass Karakol eine erfolgreiche und blühende Stadt war.

Eine der Kirchen war die Kathedrale der Heiligen Dreieinigkeit, eine russisch-orthodoxe Kirche. Zu Sowjetzeiten diente die Kathedrale als Tanzhalle und während des zweiten Weltkrieges als Schule. Auf dem Platz einer alten Kirche, die 1876 gebaut wurde, wurde das Gebäude in den Jahren 1890 bis 1895 errichtet. Während der Bauarbeiten diente eine Jurte als Kirche für die Einheimischen. Das Gebäude besteht aus Holzwänden, einem Fundament aus Stein und ist sehr dekorativ. Die fünf Kuppeln in Form einer Zwiebel, die das Gebäude krönten, wurden zu Sowjetzeiten zerstört. Im Inneren befinden sich eine Menge von Ikonen, dabei auch einige von Svetlij Mis gerettete Ikonen, und eine Kopie der Heiligen Dreieinigkeit von Andrej Rublev (der im 13. Jahrhundert gelebt hat). Heute ist das Gebäude wieder eine Kirche, an der im Jahre 1961 und heute einige Wiederaufbauarbeiten vorgenommen werden.

Es gibt auch eine dunganische Moschee (ein chinesisches Gotteshaus) in der Stadt, die zwischen 1907 und 1910 von einem chinesischen Architekten und von zwanzig Handwerkern errichtet wurde. Das Gebäude wurde vollkommen aus Holz ohne einen einzigen Nagel aufgebaut. Die Dungans kamen im Jahre 1877 als Flüchtlinge nach Karakol und gündeten dort ihre kleine Gemeinde. Die Bolschewiken ließen die Moschee von 1933 bis 1943 schließen, aber später wurde sie wieder  geöffnet und funktioniert als Ort des Gottesdienstes. Die Moschee hat eine außergewöhnliche Dekoration, die ihr einen einzigartigen Charakter verleiht  sie ist im Inneren bunt, in roten, grünen und gelben Farben, und zeigt verschiedene Bilder aus der Flora, aber auch solch mythische Tiere wie Drachen und Phönixe. Am Eingang zu dem großen Zentralraum gibt es eine Veranda.

Es gibt ein regionales Museum mit sieben Zimmern: ein russisches Zimmer, das die Entwicklung der Stadt und das Leben der ersten russischen Siedler darstellt, das kirgisische Zimmer, das Aspekte der traditionellen nationalen Kultur darstellt, ein Kunst und Musikzimmer mit einer Sammlung von Musikinstrumenten, ein Zimmer das ausgestopfte Tiere darstellt, die in in diesem Gebiet zu finden sind, ein archäologisches und historisches Zimmer, sowie ein Kumtorzimmer, gesponsert von des Kumtor Goldmine.

Der Tiermarkt am Sonntag zieht viele Besucher an, die einfach Spaß am bummeln über den Markt haben und in die Atmosphäre eintauchen wollen. Manche kaufen sogar ein Tier, ein Pferd oder ein Schaf.

Mit einer großen Zahl an Gebäuden im kolonialen Stil (manchmal werden sie auch als "Bonbonnierehäuschen" beschrieben), den schattigen, mit Pappelholzbäumen besäumten Straßen, mit dem bunten Markttreiben, dem ältesten Hippodrom Zentralasiens, und mit dem nie zu übersehendem Ala Too Terksey ("Schattig") Gebirge im Hintergrund hinterlässt die Stadt den Eindruck eines russischen Dorfes des 19. Jahrhunderts.

So wie die Kaiserarmee die Stadt als einen guten Militärstützpunkt ausmachte, so ist sie auch für Reisende ein guter Ausgangspunkt für ihre Erkundungungen der Umgebung, oder ein Startpunkt zum Eniltscheks Gletscher und zu den 7000m höheren Bergspitzen von Khan Tengri oder Pobeda ("Sieg").

Demzufolge ist Karakol heute vielleicht eines der meist bekannten Zentren für Trekking. Es gibt eine große Anzahl von Routen in die naheliegenden Täler. In der Nähe der Stadt liegt Dscheti Oguz mit sieben Bullenfelsen und einem Blumental. Viele Trekker besuchen die Täler Ak-Suu (Tepliyeklutschenki), Altin Araschan und Karakol.

In der Winterzeit ist die Skibase neben der Karakol Schlucht südlich der Stadt sowohl bei den Einheimischen, als auch bei den Touristen sehr beliebt.